El general Forey, desde la Ciudad de México, se encargó de proclamar el sistema de  gobierno monárquico y ofrecer la candidatura imperial al Archiduque Maximiliano de Habsburgo, siguiendo los planes de Napoleón III. Juárez tuvo que abandonar la plaza y se dirigió a Matehuala, luego a Saltillo y por ultimo a Monterrey, de donde salió nuevamente el 3 de abril de 1864. Para entonces, la mayor parte del país se encontraba ocupado por las fuerzas francesas y tan solo quedaban libres Durango, Chihuahua, Coahuila, Nuevo León, Sonora, Sinaloa y Baja California.

Los  pocos meses que estuvo Juárez en Monterrey, sirvieron solo para preparar su próximo destino, pues el gobierno de la entidad se unió al imperio y las condiciones ya no eran seguras para el Presidente y su comitiva. Se iniciaron los preparativos para trasladar el gobierno hacia Chihuahua, aunque en ese lugar se encontraba como gobernador Luis Terrazas, y no era de la confianza de Juárez y su gabinete. Las razones de este escepticismo:

1. Luis Terrazas había llegado al gobierno haciendo a un lado al gobernador sustituto José Muñoz, quien era uno de los liberales más prestigiados de Chihuahua y había sido uno de los diputados firmantes de la Constitución de 1857

2. El gobierno de Terrazas había vendido los bienes del clero a pesar del decreto presidencial que prohibía hacerlo

3. Los ingresos de las aduanas fronterizas de Paso del Norte y Presidio del Norte (Ojinaga), asi como los derivados de la Ley del timbre, fueron incorporados a la Tesorería Estatal sin acatar las disposiciones de la Secretaria de Economía Nacional.

 Juárez no le tuvo confianza a Terrazas y haciendo uso de sus facultades extraordinarias, nombro al Coronel José Jesús Casavantes como gobernador sustituto y decreto al Estado bajo control militar, como medida precautoria en caso de que Terrazas se insubordinara y se negara a entregar el mando.

La noticia, como era de esperarse, causo gran disgusto no solo al gobernador, sino también a la legislatura, la que intento persuadir a Juárez para cambiar su decisión. No obstante, Terrazas abandono el Poder Ejecutivo el 31 de mayo de 1864, acatando las disposiciones presidenciales. Juárez entro al Estado por Valle de Allende el 25 de septiembre de 1864 y de ahí continuo con rumbo a Parral, Santa Rosalía, Rosales y finalmente la ciudad de Chihuahua el 12 de octubre, recibiendo a lo largo del trayecto todo tipo de muestras de apoyo, simpatía y adhesión por parte de los chihuahuenses. Chihuahua se convirtió a partir de entonces y por más de dos años en capital de la Republica. Esto era un gran acontecimiento para los chihuahuenses, pues se trataba del primer personaje a nivel nacional que visitaba el estado, además de ser Juárez el símbolo de la dignidad y la defensa de la Nación.