Entre 1521 y 1700 gobernó en la Nueva España la dinastía real de los Habsburgo o Austria. Era una familia real de origen francés (Borbón), una rama de la dinastía de los capetos, la más antigua  de Europa. Gobernaron primero Navarra y Francia, y en el siglo XVIII sus miembros llegaron a los troncos de España e Italia, además de pequeños ducados y condados.

Durante el gobierno de los Habsburgo, se había creado un sistema político denominado patrimonialista donde se compraban los cargos públicos, los funcionarios imponían los tributos, se desarrollaban  y protegían monopolios y mediante la corrupción se evadía el control de la Corona.

El rey Carlos III de Borbón, influido por las ideas de la ilustración, llevó a cabo un proceso de modernización por medio de las llamadas “Reformas Borbónicas” que impusieron una serie de cambios políticos-administrativos, económicos, militares y culturales. Estas reformas buscaban modernizar internamente a España y su relación con las colonias, respondiendo a una nueva concepción de Estado, que se propuso retomar todos los derechos que se habían delegado en grupos y corporaciones, además de asumir la dirección política, administrativa y económica del reino.

En 1756 fue nombrado el visitador José de Gálvez, con el encargo de retomar el control político y administrativo y aplicar de manera sistemática las reformas, restarle poder a los grupos, corporaciones e incluso al propio virrey, e incorporar funcionarios adeptos a los propósitos de la corona.

El régimen borbónico, en cuyas manos estaba la corona española desde principios de siglo XVIII, emprendió un enorme esfuerzo político a partir de 1760. El objetivo era reforzar el dominio sobre sus posesiones americanas, aumentar la extracción de recursos y consolidar la hegemonía  política del poder público por encima de cualquier otra fuerza política o sector social. Este proyecto dio paso a las reformas borbónicas, las que incluyeron una gran variedad de medidas en materia fiscal, militar, económica, política y religiosa. El visitador José de Gálvez (1765-1771) tuvo a su cargo la implantación de las primeras medidas, entre ellas una de las mas importantes: la expulsión de los jesuitas, decretada por el rey Carlos III en febrero de 1767. La orden de expulsión fue cumplida a partir de junio de ese año y significo el desmantelamiento de las misiones y propiedades jesuitas.

A partir de entonces se inició el saqueo de los bienes de las misiones, lo cual afectó profundamente a los núcleos indígenas congregados en ellas.

Los tarahumaras perdieron desde entonces la posibilidad de una relación económica mas o menos igualitaria con el resto de la sociedad local.

El régimen de misiones obligaba a la corona a pagar un sínodo a los misioneros, una especie de sueldo. De ahí que desde siempre la corona estuviera interesada en acabar con las misiones.

Por primera vez en la Nueva España se organizó un ejército propiamente dicho, es decir, profesional y de carácter permanente.

Se envió al comandante Rubí a recorrer los presidios del septentrión con fines muy semejantes a los del brigadier Rivera 50 años atrás. El criterio de rubi fue mas bien de carácter militar: los presidios debían ubicarse de tal modo que impidieran la entrada de los nómadas, o bien que facilitaran su persecución y castigo. Gálvez dejó de pronto el cargo y fue sustituido por el coronel Hugo O’Connor, quien emprendió intensas campañas contra los apaches desde su base de operaciones, el presidio del carrizal.

En 1788 entro en vigor la ordenanza de intendencias en la Nueva España. Se trataba de una profunda reorganización administrativa, ideada por los reformadores borbónicos para mejorar la administración y reforzar el control territorial.  Surgieron entonces 12 intendencias y tres territorios. Con esa reforma desaparecieron los alcaldes mayores y los gobernadores de provincias, es decir, los funcionarios que habían gobernado desde los inicios del periodo colonial.  Esta reorganización política de la Nueva España se considera la base de la estructuración política del país, una vez que alcanzo su independencia.